Edita tu fichero config.inc.php (en mi Ubuntu 12.04 estaba en /etc/phpmyadmin/config.inc.php) y añade la siguiente línea (donde X es la cantidad de segundos que quieres que dure la sesión):
$cfg['LoginCookieValidity'] = X;
En mi entorno de desarrollo tengo puesto 36000 para que sean 10 horas (todo el día de trabajo), pero en un entorno de producción nunca se debería hacer esto.
Tal vez tengas que modificar también el valor de session.gc_maxlifetime en tu fichero php.ini ya que probablemente tenga un valor inferior al que acabas de configurar en LoginCookieValidity (el valor por defecto es 1440).
session.gc_maxlifetime = 36000
Ref: http://venutip.com/content/increase-phpmyadmin-session-timeout
Script de instalación de Apache 2 + MySQL 5 + PHP 5.3 + phpMyAdmin 3.5.4 para Mac OS X usando MacPorts
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